Somos MolDrug AI Systems S.L., una empresa de biotecnología computacional con sede en València especializada en el desarrollo de soluciones basadas en inteligencia artificial y análisis ómicos para impulsar la investigación y el descubrimiento de moléculas bioactivas y biomarcadores. Nuestra actividad abarca desde el modelado molecular y el diseño de compuestos bioactivos mediante algoritmos y aprendizaje automático, hasta la construcción de pipelines multi-ómicos que integran datos genómicos, proteómicos y metabolómicos.

Gracias a nuestro expertise y al uso de herramientas tanto propias como comerciales, facilitamos la exploración del espacio químico, la predicción de afinidad de ligandos y la relación de los compuestos con diferentes dianas, incluyendo aquellas relacionadas con el microbioma. Colaboramos habitualmente con instituciones académicas y empresas del sector farmacéutico, biotecnológico y nutracéutico para acelerar la transición de la biología computacional al laboratorio experimental.

En Microbioma Humano, MolDrug AI Systems S.L. realiza el análisis de diversas muestras de pacientes y voluntarios para la determinación del perfil metabolómico de la microbiota mediante resonancia magnética nuclear. Además, aplica su experiencia en biotecnología computacional para integrar datos metabolómicos con datos genómicos y proteómicos y realizar un análisis integral de la composición y función de la microbiota. Gracias a estos pipelines multi-ómicos, podemos identificar biomarcadores microbianos clave y metabolitos de interés terapéutico o nutricional, aportando información de alto valor para proyectos de salud, agroalimentación y nutracéuticos.

Además, desarrollamos modelos computacionales avanzados que permiten estudiar la posible interacción de compuestos (como fármacos o compuestos naturales) con dianas del microbioma, optimizando parámetros como afinidad, selectividad y accesibilidad sintética antes de la fase experimental. De manera complementaria, analizamos los metabolitos producidos por la microbiota para evaluar su posible actividad sobre dianas humanas mediante docking molecular, QSAR y simulaciones de dinámica.

Esta doble vertiente , tecnologías ómicas y modelado molecular, permite estudiar moléculas moduladoras de la microbiota y acelerar su validación experimental, fortaleciendo la innovación traslacional y reforzando nuestra contribución a la red de Microbioma Humano.

DETECCIÓN Y PREVENCIÓN

Identificación de biomarcadores metabolómicos y genómicos de la microbiota intestinal para la detección de la resistencia a la insulina general y de miocardio.

DETECCIÓN Y PREVENCIÓN DE PATOLOGÍAS
– Estudio del efecto de la nutrición sobre el perfil metabolómico de la leche materna.

Modelos predictivos relacionados con parámetros relacionados con la vía intestinal como absorción intestinal o permeabilidad en Caco2.

Equipos de computación avanzada con software especializado.

Software y scripts personalizados para el análisis de datos ómicos

Acceso a equipos de Resonancia Magnética Nuclear

Pipeline bioinformático para el estudio computacional de compuestos con proteínas de relevancia en el microbioma humano

Descripción del servicio:

Consiste en un pipeline bioinformático completo para el análisis “in silico” de la interacción entre moléculas (fármacos, compuestos naturales o candidatos químicos) y proteínas clave del microbioma humano.

1.Preparación estructural de dianas

• Filtrado y selección de proteínas microbianas de interés.
• Modelado por homología y refinamiento de estructuras 3D para garantizar geometrías fidedignas.

2.Docking molecular

• Configuración de cavidades activas y definición de protocolos (rigid receptor/flexible ligando).
• Acoplamiento de librerías de compuestos con scoring multicriterio (afinidad, polaridad, complementariedad).
• Clustering de poses para identificar modos de unión más probables.

3.Simulaciones de dinámica molecular

• Estabilización de complejos ligando–proteína en ambiente solvado.
• Cálculo de energía libre de unión mediante MM-PBSA/MM-GBSA.
• Análisis de interacciones clave (puentes de hidrógeno, interacciones hidrofóbicas, cambios conformacionales).

4.Evaluación de estabilidad y selectividad

• Monitorización de parámetros de estabilidad (RMSD, RMSF, P–L distances) a lo largo de la simulación.
• Comparativa de perfiles energéticos para priorizar compuestos con mejor balance afinidad–dinámica.

Sectores de aplicación:

• Industria farmacéutica: Identificación de nuevas dianas microbianas y diseño de antibióticos o moduladores de la microbiota.
• Nutrición y nutracéutica: Descubrimiento de compuestos prebióticos y postbióticos con impacto en salud digestiva y metabólica.
• Agroalimentario: Desarrollo de suplementos y aditivos que influyan positivamente en la microbiota humana a través de la dieta.
• Cosmética: Formulación de ingredientes que interactúen con la microbioma cutáneo para mejorar barreras y salud de la piel.
• Investigación académica y centros de I+D: Herramienta de apoyo para proyectos traslacionales en microbioma, biología computacional y química medicinal.
• Salud personalizada: Base para plataformas de medicina de precisión que integren perfiles microbianos y respuesta a fármacos o nutrientes.

Análisis del perfil metabolómico de muestras humanas de microbiota mediante RMN

Descripción del servicio:

Se realiza el flujo de trabajo completo que incluye los siguientes pasos:

1. Almacenamiento y preparación de muestras

2. Adquisición de espectros de RMN

3. Integración y análisis de espectros de RMN

4. Análisis estadísticos para la identificación de metabolitos de interés

5. Integración con datos genómicos (si disponibles)

6. Generación de modelos predictivos

7. Identificación de biomarcadores

8. Identificación de rutas metabólicas alteradas

Sectores de aplicación:

• Industria farmacéutica: Estudio del efecto de fármacos sobre la microbiota.
• Nutrición y nutracéutica: Descubrimiento de biomarcadores para una microbiota sana y del efecto de diferentes alimentos sobre esta microbiota.
• Cosmética: Estudio del efecto productos cosméticos sobre la microbiota cutánea.
• Salud personalizada: Identificación de biomarcadores personalizados para el pronóstico y diagnóstico de enfermedades, basados en la microbiota.